Login

Join for Free!
112360 members


PCR

Genetics as it applies to evolution, molecular biology, and medical aspects.

Moderator: BioTeam

PCR

Postby Julian92 » Mon Jan 28, 2013 12:23 pm

Can someone tell me why a mixture of 12 specific primers produces 12 bands from a single persons DNA. And why is the pattern of bands produced by multiplex PCR with the same 12 primers highly variable between individuals? What are the most likely explanations for individual D having less than 12 bands?

Yours,
Julian
User avatar
Julian92
Garter
Garter
 
Posts: 2
Joined: Mon Jan 28, 2013 12:08 pm
Location: Glasgow

Postby Julian92 » Tue Jan 29, 2013 3:10 pm

I realise that each of the 12 primer pairs bind to a different region of human genome; the VNTR's within each region, and that is how 12 distinct bands can be detected after PCR. But what i don't know is why the exact same primers that target the same location end up a different areas.

Yours,
Julian
User avatar
Julian92
Garter
Garter
 
Posts: 2
Joined: Mon Jan 28, 2013 12:08 pm
Location: Glasgow

Re: PCR

Postby jonmoulton » Tue Jan 29, 2013 4:16 pm

"what i don't know is why the exact same primers that target the same location end up a different areas."

I don't think that the same primers that target the same location do end up in different areas. The difference in the masses of the bands produced is due to the difference in the number of repeats between individuals.

Just looking at a single pair of primers, you target the same two loci in any human (unless the primers are poorly chosen and so there is off-target binding due to allelic variation). So, you prime at the locus of the forward primer target and prime at the locus of the reverse primer target, but the distance between these two targets varies with the individual's number of intervening repeats; that's the source of the band mass variation.

When you are using 12 pairs of primers, they are targeting 24 different binding loci. Each forward and reverse pair spans a region that has a variable number of base pairs between individuals, but a given individual will have a definite base distance between each pair of primers (barring complications like chromosomal rearrangements from cancer, etc.). This means that an individual whose chromosomes are tested against the 12 primer pairs will produce 12 bands, one for each primer pair, but the mass of the RT-PCR products will vary when compared between different individuals. This is not because each pair or primers is targeting different areas, but rather it is because the distance between the forward and reverse primer binding sites varies between individuals.

"What are the most likely explanations for individual D having less than 12 bands?"

If an individual has less than 12 bands, it could be because two of the PCR products have masses so similar that they cannot be distinguished. Another possibility is that there has been one or more mutation(s) in one of the primer binding sites so that the primer has some mispairs with its putative target and the affinity of the primer for the altered target is below the affinity needed for efficient PCR.
User avatar
jonmoulton
Viper
Viper
 
Posts: 421
Joined: Fri Feb 15, 2008 5:38 pm
Location: Philomath, Oregon, USA


Emnet for musik som ingen anden tur hop nike free run dame

Postby Michaellini » Tue Jul 29, 2014 2:12 am

billige nike free
,nike free run 2


Emnet for musik som ingen anden tur hop

jimmy Lavalle er nike free 3.0 dame en produktiv pianist og klassisk uddannet musiker, der har deltaget i en række ambitiøse projekter, herunder Airheart johannesbrødkernemel og hjerte procession efter flere soloprojekter under navnet på albummet blad, islandske Sigur Rós har anmode den om nike free dame tilbud at deltage i eksperiment. Dette samarbejde blev født en sikker hjemmeside

har stoppet beder mig og invitere mig til at komme og se jimmy siger Lavalle, om islandske Sigur RS han havde mødt i løbet af deres første amerikanske turné og sluttede på scenen et par runder senere.

opdagede dette utroligt grønne landskab, med heste og damme. Jeg kan lide at være på Mars fortæller Jimmy med en kluklatter latter. væk fra stress og jag i den sædvanlige miljø, Lavalle pludselig indser, at han er nedsænket i en meget anderledes mental univers, der vil dybt ændre karakteren af ​​hans kompositioner. nike free 3 Det er et sikkert sted (på et sikkert sted).

Ikke helt ny (2002), men alt nyt for mig (2004)

The Mechanics of Destruction Radioboy alias Matthew Herbert.

En god dosis af electronica til prøver ud af ingenting, men vi tvivler på herkomst, når du nike free 3 ser sportitler (McDonalds, Nike, osv..) Og er nike free herre ærligt fremragende.

Derudover er det blackjack, tilgængelig på TIGERSUSHI, hvad mere?

Seneste:

En samling af David Toop, Haunted Vejret (sælges med en bog, er det også forfatteren fyr). Eksperimenterende musik i al sin pragt, mystisk og ikke nødvendigvis easy listening, men når vant øre, er det en ren fornøjelse. Det gør du ønsker at dykke ned i en nike free 2 verden af ​​Toop.

Meddelelse redigeret af georgeabitbol November 5, 2004 at 03:07:37

bah her er et emne, jeg kan lide at se på en lang

dælen jeg bare Skræl de forskellige links og mine ører stadig ikke tilbage

Ved ulemper Jeg har ikke meget at tilbyde dig måske billig nike sko bortset fra en storslået opus Cocteaux tvillinger (især himlen eller Las Vegas)

og de lige så storslåede Halcyon dage mickeal delta i tilslørede AFSTAND

Endelig, for at tilføje et personligt præg, jeg invitere dig lytte til toppen af ​​stuen til dato: lacompil Hi: troskab lounge

ansi kompilere sikkert fundet en genfødsel af kølig vol. 1

god leder og gå snart

Da hver første fredag ​​i måneden, Red! Leng nike sko herre afholder sin månedlige aftale den 7. januar måned The'OZ og som sædvanlig, det er gratis.

Denne måned Røde foreningen! Ngue besluttet at gennemføre en mere elektronisk programmering. For at sikre overgangen til vores sidste aften og DIUCE LINCHAO stadig starte deres plader SET nike free børn 4 med abstrakte Hip Hop. Resten af ​​aftenen vil blive lullet af de forskellige strømninger i elektronisk musik og slutter nike free run 3 på en lang nike nike free tilbud dame nike free born free run dame nike free run 5.0 dame række Jungle.

Denne 4. Reds! Pirit bliver til Red! Skirit med screeninger af de bedste passager af ekstremsport udvalgt af medlemmerne.
tilbud nire munificent online,Manner og hvid nike shox tilbud salg http://www.springvalleyfloral.com/nike-free-5-0-tilbud.cfm
Michaellini
Garter
Garter
 
Posts: 20
Joined: Mon Jul 28, 2014 8:58 pm
Location: Finland


Return to Genetics

Who is online

Users browsing this forum: No registered users and 0 guests

cron