i. krupa.seq
TACTGTGGCCGTGCGTGGCTGCCGTTGCGCTGC
TCCTCGGGTCGATGCGATAGCTAGCTAGATCT
ii.Beta-globin gene:
TCGAGCTCTACACAGGTGACACACTAGAACCAGAGCGTGCGATCCTTCGGGAGCAGAGCCCAGAGTTCCT
CCGTGCCGACACGCAGCCCTCCTGCCGACACCATGGTGCAGTGGACAGCTGAGGAGAAGCAGCTCATCAC
CGGCCTCTGGGGCAAGGTCAACGTGGCCGAGTGCGGCGGCGAGGCCCTGGCCAGGCTGCTGATCGTCTAC
CCCTGGACCCAGAGGTTCTTCGCCTCCTTTGGGAACCTGTCCAGCCCCACCGCCGTCCTGGGCAACCCCA
AGGTGCAGGCCCATGGCAAGAAGGTGCTCACCTCCTTCGGGGAAGCCGTCAAGAACCTGGACAGCATCAA
GAACACCTTTTCCCAGCTGTCCGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGACCCTGAGAACTTCAGGCTC
CTGGGTGACATCCTGGTCGTTGTCCTGGCCGCCCACTTCGGCAAGGACTTCACTCCCGACTGCCAGGCCG
CCTGGCAGAAGCTGGTGCGCGTGGTTGCCCACGCCCTGGCCCGCAAGTACCACTGAGGAGCCGCAGGAGC
GCCCGGCAGCGCCCGCACCCGCTGCCGTCCGAGCCCACCGCTTCTAACAGCAAATAAAGCTCATCCTGTG
AAGCCTAAAAAAAAAAAAAAAAACACTCTTGGATC
iii. Prot.prot
MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
GDGYNGFGNDGGYGGGGPGYSGGSRGYGSGGQGYGNQGSGYGGSGSYDSYNNGGGRGFGG
GSGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGS
SSSSSYGSGRRF
iv.
IL2:
Genomic sequence in Fasta
format
>ref|NT_016354.18|Hs4_16510:47920772-47925797
Homo sapiens chromosome 4 genomic contig, reference assembly
TTTATATTTATCAAATTTATTAAATAGTTTTACTAACCAATCTACATAGATACTATATTTAACATTCAAC
ATAATAATAAATATTTTGGGATAAATAAGTGAAACCATTTTAGAGCCCCTAGGGCTTACAAAAAGAATCA
TAAAAGATCCATATTTATAGTTTTAAGATTAAGAATAATAGTTACAATAGGTAGCAAACCATACATTCAA
CAATAAATATAAAATTTAAATATTTAAATAAATAGAAGGCCTGATATGTTTTAAGTGGGAAGCACTTAAT
TATCAAGTCAGTGTTGAGATGATGCTTTGACAAAAGGTAATCCATCTGTTCAGAAATTCTACAATGGTTG
CTGTCTCATCAGCATATTCACACATGAATGTTGTTTCAGATCCCTATAAAAGAAAAATGTTAATTTTTTA
AAGTACAGAGTAGTTTACCTTATATACAGTTATTCCCAATTGAAGTCTTATAGGCCTGTTGCCTTTATTT
TCAAGCTTACCAAACATATTAATTATTCACATTTTCTTGAAATGATCAAAATGAATGCCAAAATTACATA
TTTTGTTATGATACCAAATGATAGTAACACAGAAGCTGAGATTTTCCTCATTTGTTAATTCAGTCAATGA
ACACAAAAATTTTTTCCCTAAATTGGGTGCAAATAAAGATTTAAATAAAAATAGATCTAGACAAATATTA
AATGCTGGATGTGAAATAAACTTGATCGCTTTTCCTCTGAATGTACACCTATATTTGTGTAAGTTAAATG
TATGAATTGATATGCACATTATACTTTCTTCTTTTCTAAATCTTGATTAGAGTCTCCTATTTTTCTACTT
AAGTGAATCTCCTTATATTTTCCCCAAAGCAGAACAGAACTACACTAGAGTAAGCTAGGACATGCTTCTG
TTTGGGATAAATTTGTGTGAAGAACATCTTCATAAATACTTACACCTATCCCTACCCCATCATAGTATCA
ATGCAGGTGAATTTGCCAACTTTTAAAAGTTTAAACATTAGAAATTTTGTTCTGTGGACTGGCTTTTTAG
AAATTAGGCTTCTCTGCTGAAAGGAGCTATTTAAACGCTTCCTCTAGTTGATAAGCTAAGGAGGAAATAT
TTTGATATATAGTGAGATTTAAAAGAGAGCTTTTCAAATTTGAAGTGATTCCTACCCTGGGAACAAAAGC
AGGTGAGATAGAGTGTTCCCTTTAAATAAGTATTCTCTTTTAAAAAACTGTTGCAGTGTTCTGTATCCTC
TTAAGCATAATTGTTTAAATATTGTCATATCTTGGGATTTTTTTATTTTAAAAAGTGTTTGGCTTTTGAA
ACACAGTTTTCAGATTTTTGCATGGTTTTGTCTTAAATTTGTATCAAGAGTTAAGAATGAGTTTTCTGAT
GTTAATTATTTTAGAGTAAAACTCTTGCCATAGATAAGGAACTGAATCTGTCAATGTCTAGATGACATTG
ATCTCAATGTATTTTTTTAATTCAACTGAAACAGTCCACTAATAAGTGATTCATTTGGACACAACTGGAG
TTACTTTTAGGAATGTCTTTTACTACTATACTTATGCTGCTTATTTAGGATACCTATTAACTCATGAATT
TTATACCTTAGGAGACGGGATATAAAAAGACAAAAGTGAATCTCTTTTACATCACCTGAGTCCCTTGCAT
ATTTTATGCTTCCTGTGCATTTAAAAATACTTAAGATTCTGAAAGTGGGGATTGCCTCTAAAAAGATTGT
TGTTTGTTTAGTCCACTGGCCATTTTAATGGCTCCAGTTTTTTTTTTTAAGACAAATCTCTTATGGGTAG
TCCTTCCATCAAATGATAAGGAAACACCATTTGAAAAGCCTTTCAGGTAATCAGTATTGGCTATTCCAGT
AAATGATCTGAAGGAATTGAAAAATATATAGTAAAATCTGCCTGCTTTCTGTGAAACTCAACTCAGTACC
TTCTCTCACTCCCAGTTTTGTGTTAATATGAAAGGTGATGGAGTTTGGGATGAGGCTTGTCCATTAGTAG
ATGGTAGGTGCAAACTCAGTAGCTTATACTCCCCAGTTAATCATTTAACATTAGAAATGATTCATGTTCA
CAGTGTACTTAAAATGTAGGCTAATTACATGCATGGGTACTTTACAAATACCAAAAATGTTATGTCACTT
TAAAATGTGGTACTTTTCCCCCTACTTTTTTTTTTTTATTTCCAGGAGAGCAAATAAAGTAATGCCTTAC
CTTTAGTTCCAGAACTATTACGTTGATATTGCTGATTAAGTCCCTGGGTCTTAAGTGAAAGTTTTTGCTT
TGAGCTAAATTTAGCACTTCCTCCAGAGGTTTGAGTTCTTCTTCTAGACACTGAAGATGTTTCAGTTCTG
TGGCCTAGAATAATAATTATCATCAGCTCAGTTTACATAGAGGTCAGAATCAGAAATTAATTTCCAATTT
ATTTTATTTGGAGTAGCAGTATGTAGTTTTTACCATTCTCTCTGTTCTCAATGTCACTGTAAAGATGGAC
CAGTAGAGTTTACATTATAAAACTGGAAAAACTAGGGCTCAAGTACCTATGACTAGCGTTAAGTGATAGT
TGACTCACTGGTTTTAGCTTAATTTGGCTTTGCAAAATGTTAGACTTTCTGCATCTAAATGCCTATTACA
GATGTAGGCTGATTACTTTTCCAATCTGCATAGAAAATCATTAGAACCAGATGAGTTAGAATGTGGAAGC
ATAAAAATCACATTCTATGATTATAATATTTGATAGTCTAAGAGTTAAGAATCACAGAATGTTGAGAGAG
AAGGAACTCTTGGATGCCATCTATCACAATCCCAACATTTTACACTAGGTAACAATAATCATGTAGTAGT
GGCTCTCAATATAGCCTTGAGCAAGACACATTTTTAAATATGTCTTAAATTTTTACTTTTCTACAATCAC
TACATTAAGATGCATTTTAAAAATGTTTGTCCCAGTGAAATAAAAAATTATAATACTTTGGGAGGACTTT
TGGACAGGCCTCTTGATTCTATATTATATATAATATTTCATATTTCTATGGTATATTACAATTTAAAAGA
ATTTTCTCCAAAATAGGCCCATTTACTTCTCACAGTCATCTTTTGAAGTAGGCAGTGAAGTATCATCTCC
ACTTTATAAATAAGCACACTAAATCTCAGAATTTGACCACATAAGTAGGTAGAGCCAGAATTAGATTTCA
TTTCTTTCTCATTATAGCATTAACATAGCATCCTTGGAATCAAATATTTTTATTAGTTTCTAAAATCTTT
TGTAAATGTGCAATGAGGGTTAAATGAACAAATGAATAGAGTTTATCATTACTTTTGGTTTCAAACTTAG
ATTTCCATGAATTCTACCACCCCCTAAATTATGCACATAATCTCATCTTTCTAACACTCTTTAGTGGGAA
AGGTAGGTCAAGACAATACCAATCCCCTGATATGTCCATCTATTGCGCTTTCAATTCACCACTACAAATT
CTACAAATTCGGGTTTAAGTTTTTGGCATGAACAATGTGGAGAAATTTTCTTCAGAAAACAGCATCTAGT
ATCTTTATGTTGCTGGAGTTGCATTATGTGGCTCTGATTAAACTAGAGTAACATCTGTAAGCTGTCTCCT
TTACATCTTTCAGAAGGGTAGTTAGAAGCAGATTTCTCTTGAATTAATAGAATTTGAGTCAATGGGATTG
CATCTGTGTCCCCTTAAATCCTATTATTTTCTGGGCTTGGATTCACCCTGGCACAAGCTCTTTCTGGCAC
CAGATTTTGTTCATTCTCTCTTAACTGGCACAGCTACTAGGTAGCTTTACACACCTAATGTAGCCTAGGA
GCTTGGATGATTATGCTTATGCTCTATCTGAATCCAAAAACAACCTAATGAAGCTTTTAATCTTGGAAAA
TAAGTCATATAGCATTATAAATCTCAAGTTCTATTGGTAAAAAGATAAAGTCCAAAATTTTACTTTGTAT
TTCTCAGTGAAAATTTTATCTTTAATACTACTAATAATAGCTAATGCTTGTATGGTATTTACCTTATGCC
AGACACGGTTCTGAGTGCTTTACATTTACTTACTAATTCTCACAAAGCCATATTAAGTATATACAGTTAT
TCATTTAAGTAGACATGAAACTGAATCACAAACAGAGTAGGTAATTTGCCAAAGATCATGAAAGCTAGGA
CATGGCAGAGCTGAGATTTCACTTCAGATATCTGGCCCCAGACTCTGTGCTATTAGTGTTATGCTGCCTC
TCACTTAGAAACCTTTCCTAAAACAAGAAAAGATTTTTAAAAGTGGGCTCCTTGGAAATAGATTTTGGTA
TTTTACATACTAAAATGACATAATCAAATATTTTAGAGTTTTACATTTTTAAATGAAACCATAAATGAAC
ATTTTTGTTTAGAATTGTCTTATCGATAAAGTGAGAATATTATTTTTATGTTTTCTTCCCACCCCCACCA
ACACACAAATATATATTAAAAATATAGGTAAAACTGTTTTAATAGAGGCTTCATTATCAAACTTGGGTTT
TCAAAAAAACAAATTAAAGTTACTCTTTACCTCAGATGAGCTGCTATTAGTCCCATCTGTGCAAATTTTC
ATATTACTTTGAATTTTATTAAAACAGAAATTGAACATAAAATATTGTACTTACCTTCTTGGGCATGTAA
AACTTAAATGTGAGCATCCTGGTGAGTTTGGGATTCTTGTAATTCTAAGAAAGTATAATGCATTGTTATT
AAGAAATGATCTCCAGCTAGATTACTAAATGTAATAATTTTAGTAAGAAAGGAAATATACTTACATTAAT
TCCATTCAAAATCATCTGTAAATCCAGCAGTAAATGCTCCAGTTGTAGCTGTGTTTTCTTTGTAGAACTT
GAAGTAGGTGCACTGTTTGTGACAAGTGCAAGACTTAGTGCAATGCAAGACAGGAGTTGCATCCTGTACA
TTGTGGCAGGAGTTGAGGTTACTGTGAGTAGTGATTAAAGAGAGTGATAGGGAACT
v. mRNA sequence: IL 2
>gi|125661059|ref|NM_000586.3| Homo sapiens
interleukin 2 (IL2), mRNA
AGTTCCCTATCACTCTCTTTAATCACTACTCACAGTAACCTCAACTCCTGCCACAATGTACAGGATGCAA
CTCCTGTCTTGCATTGCACTAAGTCTTGCACTTGTCACAAACAGTGCACCTACTTCAAGTTCTACAAAGA
AAACACAGCTACAACTGGAGCATTTACTGCTGGATTTACAGATGATTTTGAATGGAATTAATAATTACAA
GAATCCCAAACTCACCAGGATGCTCACATTTAAGTTTTACATGCCCAAGAAGGCCACAGAACTGAAACAT
CTTCAGTGTCTAGAAGAAGAACTCAAACCTCTGGAGGAAGTGCTAAATTTAGCTCAAAGCAAAAACTTTC
ACTTAAGACCCAGGGACTTAATCAGCAATATCAACGTAATAGTTCTGGAACTAAAGGGATCTGAAACAAC
ATTCATGTGTGAATATGCTGATGAGACAGCAACCATTGTAGAATTTCTGAACAGATGGATTACCTTTTGT
CAAAGCATCATCTCAACACTGACTTGATAATTAAGTGCTTCCCACTTAAAACATATCAGGCCTTCTATTT
ATTTAAATATTTAAATTTTATATTTATTGTTGAATGTATGGTTTGCTACCTATTGTAACTATTATTCTTA
ATCTTAAAACTATAAATATGGATCTTTTATGATTCTTTTTGTAAGCCCTAGGGGCTCTAAAATGGTTTCA
CTTATTTATCCCAAAATATTTATTATTATGTTGAATGTTAAATATAGTATCTATGTAGATTGGTTAGTAA
AACTATTTAATAAATTTGATAAATATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
vi. Hemoglobin alpha 1:
Gene seq:
>ref|NT_037887.4|Hs16_37891:166679-167520 Homo
sapiens chromosome 16 genomic contig, reference assembly
ACTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCACCATGGTGCTGTCTCCTGCCGACAAGACCAACGTC
AAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCGGCGCGCACGCTGGCGAGTATGGTGCGGAGGCCCTGGAGAGGTGAGGCT
CCCTCCCCTGCTCCGACCCGGGCTCCTCGCCCGCCCGGACCCACAGGCCACCCTCAACCGTCCTGGCCCC
GGACCCAAACCCCACCCCTCACTCTGCTTCTCCCCGCAGGATGTTCCTGTCCTTCCCCACCACCAAGACC
TACTTCCCGCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCTGCCCAGGTTAAGGGCCACGGCAAGAAGGTGGCCGACG
CGCTGACCAACGCCGTGGCGCACGTGGACGACATGCCCAACGCGCTGTCCGCCCTGAGCGACCTGCACGC
GCACAAGCTTCGGGTGGACCCGGTCAACTTCAAGGTGAGCGGCGGGCCGGGAGCGATCTGGGTCGAGGGG
CGAGATGGCGCCTTCCTCGCAGGGCAGAGGATCACGCGGGTTGCGGGAGGTGTAGCGCAGGCGGCGGCTG
CGGGCCTGGGCCCTCGGCCCCACTGACCCTCTTCTCTGCACAGCTCCTAAGCCACTGCCTGCTGGTGACC
CTGGCCGCCCACCTCCCCGCCGAGTTCACCCCTGCGGTGCACGCCTCCCTGGACAAGTTCCTGGCTTCTG
TGAGCACCGTGCTGACCTCCAAATACCGTTAAGCTGGAGCCTCGGTGGCCATGCTTCTTGCCCCTTGGGC
CTCCCCCCAGCCCCTCCTCCCCTTCCTGCACCCGTACCCCCGTGGTCTTTGAATAAAGTCTGAGTGGGCG
GC
vii. mRNA: alpha 1
>gi|14456711|ref|NM_000558.3| Homo sapiens
hemoglobin, alpha 1 (HBA1), mRNA
ACTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCACCATGGTGCTGTCTCCTGCCGACAAGACCAACGTC
AAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCGGCGCGCACGCTGGCGAGTATGGTGCGGAGGCCCTGGAGAGGATGTTCC
TGTCCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCGCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCTGCCCAGGTTAAGGG
CCACGGCAAGAAGGTGGCCGACGCGCTGACCAACGCCGTGGCGCACGTGGACGACATGCCCAACGCGCTG
TCCGCCCTGAGCGACCTGCACGCGCACAAGCTTCGGGTGGACCCGGTCAACTTCAAGCTCCTAAGCCACT
GCCTGCTGGTGACCCTGGCCGCCCACCTCCCCGCCGAGTTCACCCCTGCGGTGCACGCCTCCCTGGACAA
GTTCCTGGCTTCTGTGAGCACCGTGCTGACCTCCAAATACCGTTAAGCTGGAGCCTCGGTGGCCATGCTT
CTTGCCCCTTGGGCCTCCCCCCAGCCCCTCCTCCCCTTCCTGCACCCGTACCCCCGTGGTCTTTGAATAA
AGTCTGAGTGGGCGGC
viii. Hemoglobin Beta Chain
Gene:
>ref|NT_009237.17|Hs11_9394:4033937-4035542
Homo sapiens chromosome 11 genomic contig, reference assembly
GCAATGAAAATAAATGTTTTTTATTAGGCAGAATCCAGATGCTCAAGGCCCTTCATAATATCCCCCAGTT
TAGTAGTTGGACTTAGGGAACAAAGGAACCTTTAATAGAAATTGGACAGCAAGAAAGCGAGCTTAGTGAT
ACTTGTGGGCCAGGGCATTAGCCACACCAGCCACCACTTTCTGATAGGCAGCCTGCACTGGTGGGGTGAA
TTCTTTGCCAAAGTGATGGGCCAGCACACAGACCAGCACGTTGCCCAGGAGCTGTGGGAGGAAGATAAGA
GGTATGAACATGATTAGCAAAAGGGCCTAGCTTGGACTCAGAATAATCCAGCCTTATCCCAACCATAAAA
TAAAAGCAGAATGGTAGCTGGATTGTAGCTGCTATTAGCAATATGAAACCTCTTACATCAGTTACAATTT
ATATGCAGAAATATTTATATGCAGAGATATTGCTATTGCCTTAACCCAGAAATTATCACTGTTATTCTTT
AGAATGGTGCAAAGAGGCATGATACATTGTATCATTATTGCCCTGAAAGAAAGAGATTAGGGAAAGTATT
AGAAATAAGATAAACAAAAAAGTATATTAAAAGAAGAAAGCATTTTTTAAAATTACAAATGCAAAATTAC
CCTGATTTGGTCAATATGTGTACACATATTAAAACATTACACTTTAACCCATAAATATGTATAATGATTA
TGTATCAATTAAAAATAAAAGAAAATAAAGTAGGGAGATTATGAATATGCAAATAAGCACACATATATTC
CAAATAGTAATGTACTAGGCAGACTGTGTAAAGTTTTTTTTTAAGTTACTTAATGTATCTCAGAGATATT
TCCTTTTGTTATACACAATGTTAAGGCATTAAGTATAATAGTAAAAATTGCGGAGAAGAAAAAAAAAGAA
AGCAAGAATTAAACAAAAGAAAACAATTGTTATGAACAGCAAATAAAAGAAACTAAAACGATCCTGAGAC
TTCCACACTGATGCAATCATTCGTCTGTTTCCCATTCTAAACTGTACCCTGTTACTTATCCCCTTCCTAT
GACATGAACTTAACCATAGAAAAGAAGGGGAAAGAAAACATCAAGCGTCCCATAGACTCACCCTGAAGTT
CTCAGGATCCACGTGCAGCTTGTCACAGTGCAGCTCACTCAGTGTGGCAAAGGTGCCCTTGAGGTTGTCC
AGGTGAGCCAGGCCATCACTAAAGGCACCGAGCACTTTCTTGCCATGAGCCTTCACCTTAGGGTTGCCCA
TAACAGCATCAGGAGTGGACAGATCCCCAAAGGACTCAAAGAACCTCTGGGTCCAAGGGTAGACCACCAG
CAGCCTAAGGGTGGGAAAATAGACCAATAGGCAGAGAGAGTCAGTGCCTATCAGAAACCCAAGAGTCTTC
TCTGTCTCCACATGCCCAGTTTCTATTGGTCTCCTTAAACCTGTCTTGTAACCTTGATACCAACCTGCCC
AGGGCCTCACCACCAACTTCATCCACGTTCACCTTGCCCCACAGGGCAGTAACGGCAGACTTCTCCTCAG
GAGTCAGATGCACCATGGTGTCTGTTTGAGGTTGCTAGTGAACACAGTTGTGTCAGAAGCAAATGT
ix. mRNA hb b-chain
>gi|28302128|ref|NM_000518.4| Homo sapiens
hemoglobin, beta (HBB), mRNA
ACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATCTGACTCCTGA
GGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGC
AGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATG
CTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGC
TCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGAT
CCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCA
CCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCACAAGTATCA
CTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTCCAATTTCTATTAAAGGTTCCTTTGTTCCCTAAGTCCAACTACTAAACT
GGGGGATATTATGAAGGGCCTTGAGCATCTGGATTCTGCCTAATAAAAAACATTTATTTTCATTGC
Suggested reading:
1.
Randal
L Schwartz, Tom Phoenix and Brian d foy, 2005, Learning perl, 4th
edition, O’Reilly.
2.
Brian
D Foy, 2006, Learning Perl Student Workbook, 4th edition, O’Reilly.
3.
Larry
Wall, 2000, Programming Perl, 3rd Edition, O’Reilly
4.
James
Tisdall, 2001, Beginning Bioperl for Bioinformatics, 1st edition,
O’Reilly
5.
James
D. Tisdall, 2003, Mastering Perl for Bioinformatics, 1st edition,
O’Reilly
6. Ian Korf, Mark Yandell, Joseph Bedell, 2003, BLAST, 1st edition, O’Reilly
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